La temporada uno se abre después de que la estación ha sido operativa tras casi un año, mucho más largo de lo que las apuestas habían predicho. En el episodio piloto, el Embajador Kosh, último embajador llegar, es envenenado inmediatamente de llegar. Sinclair fue acusado falsamente por un miembro radical de la casta guerrera minbari. Salvando a Kosh, el doctor y la telépata residente de Babylon 5 vieron a Kosh bajo su traje de encuentro; se les transfirió de regreso a la Tierra brevemente después. La segunda al mando de Babylon 5, Takashima, se reemplazó por la Tte. Comandante Ivanova.